故事舞台為葦原町的「創聖學院」，學院分女校「創聖女學院」以及「創聖一般學部」為兩個學部，前者是校風嚴肅的傳統名門學校，後者則是自由度高、理念革新的學校。

而身為八衢神社神主兒子的男主角 泉戶裕理則是屬於一般學部，在他開學前的春假，學院中正在進行的工程挖掘到了古文字的遺跡，卻認定其並無重要性、並且持續的進行工程作業。另一方面，認為繼續破壞將引起災難的裕理，於深夜潛入學院進行轉換神祇靈魂的儀式，並且出現化為狐狸耳女孩的神祇，故事也就由此展開。