故事從女主角櫻小路櫻搭乘公車回家時湊巧目擊「CØDE:BREAKER」編號06，以藍色火焰焚燒罪人的大神零制裁暴徒的現場開始，到隔日大神轉校後的重逢，因為無法認同「以眼還眼，以牙還牙，以惡制惡」、「惡人沒有生存價值」的說法，死纏上大神要阻止他殺人的櫻，就此捲入了不同立場、能力的異能者與罪人等各方勢力的戰鬥，帶出不同善惡信念的衝突，並夾雜一些校園生活的趣事豐富內容。