故事一開始以浮島神社的巫女「更衣小夜」作為主角，就讀私立三荊學園二年級的小夜與父親兩人生活在一起，她就和一般的高中生沒什麼兩樣地享受著學校的生活。但另一方面，她也接受父親的指示，執行著只有她才能做的「工作」，那就是狩獵擁有遠遠凌駕於人類之上的力量、並且會吞食人類的魔物「古物」，但是背後似乎隱藏更大的謎團......。